Susunan Organisasi Inspektorat Kabupaten Wonogiri berdasar Peraturan Bupati Wonogiri Nomor 58 Tahun 2016 tentang Susunan, Kedudukan dan Tata Kerja Organisasi Perangkat Daerah Kabupaten Wonogiri, terdiri dari :
1. Inspektur;
2. Sekretariat, terdiri dari :
a. Sub Bagian Perencanaan;
b. Sub Bagian Keuangan;
c. Sub Bagian Umum dan Kepegawaian.
3. Inspektur Pembantu Bidang Pemerintahan dan Aparatur;
4. Inspektur Pembantu Bidang Ekonomi dan Pembangunan;
5. Inspektur Pembantu Bidang Kesejahteraan Rakyat;
6. Inspektur Pembantu Bidang Keuangan dan Aset Daerah;
7. Kelompok Jabatan Fungsional.