Dengan mendasarkan misi dan tujuan, maka dapat ditetapkan sasaran yang hendak dicapai dalam kurun waktu 5 tahun sebagai berikut :
Sasaran
1. Meningkatnya efektivitas SPIP, dengan Indikator Kinerja : Maturitas Sistem Pengendalian Intern Pemerintah (SPIP).
2. Meningkatnya Akuntabilitas Keuangan dan Akuntabilitas Kinerja Pemerintah Kabupaten, dengan Indikator Kinerja :
a. Opini BPK;
b. Hasil Evaluasi AKIP Kabupaten.
3. Meningkatnya Efektivitas Tindak Lanjut Rekomendasi Hasil Pengawasan, dengan Indikator Kinerja : Persentase penyelesaian Tindak Lanjut Rekomendasi Hasil Pengawasan Aparat Pengawas Fungsional, baik APIP maupun APEP.
4. Meningkatnya kapabilitas Aparat Pengawas Intern Pemerintah, dengan Indikator Kinerja : Tingkat Kapabilitas Aparat Pengawas Intern Pemerintah (APIP).
Untuk mencapai tujuan dan sasaran jangka menengah OPD yang telah ditetapkan, diperlukan strategi dan kebijakan yang selanjutnya menjadi dasar perumusan kegiatan OPD bagi setiap program prioritas RPJMD yang menjadi tugas dan fungsi OPD.
Berkaitan dengan hal tersebut, Inspektorat Kabupaten Wonogiri menetapkan strategi dan kebijakan jangka menengah sebagai berikut :
Strategi
1. Meningkatkan pelaksanaan kegiatan assistensi dan evaluasi.
2. Melaksanakan audit/pemeriksaan atas penyelenggaraan pemerintahan daerah dan pengelolaan keuangan daerah.
3. Memperluas basis kegiatan pengawasan intern selain audit/pemeriksaan.
4. Menyediakan sarana peningkatan kompetensi dan pengembangan karir APIP.
5. Peningkatan Kualitas software, hardware dan manware SIMWAS HP.